生态工程综合治理系统在生态小流域氮磷污染治理中具有重要的应用价值。本文结合具体案例,分析生态工程综合治理系统对生态小流域的氮磷去除率。研究结果表明,合理运用景观型生态湿地、多级人工湿地和组合生态湿地,可以有效去除农村分散式生活污水、农田排水和畜禽养殖混合污水内的氮、磷,改善水体质量。因此,在生态小流域氮磷污染治理中,生态工程综合治理系统应用价值显著,值得大力推广。