不同修饰磁纳米颗粒提取DNA对HRM基因分型能力的影响探讨

作者：张敏; 张俊平; 杨美娟; 李凌霄; 郜莉娜; 沈明辉; 尤崇革^*

来源：国际检验医学杂志, 2019, 40(11): 1293-1297.

• 磁固相萃取技术
• 高分辨熔解曲线
• 基因分型
• 检验性能
• 单核苷酸多态性

目的评价不同修饰基团的磁性纳米颗粒提取的基因组DNA对高分辨熔解曲线(HRM)进行SNP基因分型能力的影响。方法以商品化硅基质吸附柱提法基因组DNA提取试剂盒为对照,评价二氧化硅(SiO_2)、壳聚糖(CTA)修饰磁珠及四氧化三铁(Fe_3O_4)裸核磁珠DNA的提取得率及纯度;针对rs12641369G>A、rs3114018C>A、rs2302515C>G 3个SNP位点,分别取上述方法提取的DNA作为模板进行PCR-HRM检测;以Sanger测序作为"金标准",评价检测的灵敏度和特异度;通过重复性实验评价其重复性和再现性。结果 4种方法 DNA提取质量的比较结果显示,SiO_2@Fe_3O_4法提取得率与离心柱法相当,且差异无统计学意义(P>0.05);CTA@Fe_3O_4法及Fe_3O_4法DNA提取得率均比柱提法低,差异有统计学意义(P<0.01)。灵敏度和特异度实验结果显示,除2例样本的熔解曲线均发生飘移接受复查外,其余标本3个位点均可直接基因分型;4种核酸提取方法的最终分型结果灵敏度和特异度均达到100%。批内和批间重复试验均显示重复性和再现性良好:柱提法3个位点野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数在0.6%～0.8%;SiO_2@Fe_3O_4法3个位点野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数在0.5%～0.8%;CTA@Fe_3O_4法3个位点野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数在0.5%～0.8%;Fe_3O_4法3个位点野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数在1.2%～1.5%。结论本研究自建的3种DNA磁珠法提取体系对PCR-HRM检测结果的影响很小,可对rs12641369G>A、rs3114018C>A、rs2302515C>G 3个SNP位点进行常规化基因分型,且具备良好的检测性能,具有一定的临床应用价值。

• 单位
  中国科学院兰州化学物理研究所; 兰州大学第二医院