民族地区与重点生态功能区耦合的优势与劣势、机会与挑战并存,亟待在法治的框架内完善,需要创新民族地区重点生态功能区的财政转移支付,以扬长避短、趋利避害。通过单行条例,规范和促进横向转移支付的发展,改革财政转移支付资金的分配方式,创新财政转移支付资金的使用制度,完善财政转移支付的法律责任,是完善并创新财政转移支付的必由之路。