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摘要
目的 对2021年云南省文山州手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）病例标本进行基因检测并对其中检测到的1株柯萨奇病毒A组5型（coxsackievirus A5,CVA5）的基因特征进行分析，为今后对该病毒的防控提供分子流行病学数据。方法 采集2021年文山州手足口病病例粪便和咽拭子标本，并对经反转录-聚合酶链式反应法鉴定的其他肠道病毒进行基因测序定型。直接从处理后的标本中提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物扩增病毒VP4/VP2结合区基因并进行病毒鉴定，再用肠道病毒特异性引物扩增VP1区完整基因，用DNAStar软件中的Seqman程序对病毒基因进行编辑、整理，得到其完整VP1区序列。下载CVA5病毒VP1基因代表株参考序列，用MEGA 5.2软件进行基因特征分析。结果 2021年文山州共报告手足口病病例6 017例，发病率171.73/10万，其中，经实验室反转录-聚合酶链式反应法确诊的429例手足口病病例中，EV-A71 57例，占13.29%(57/429),CVA16 137例，占31.93%(137/429)，其他肠道病毒235例，占54.78%(235/429)。用基因测序法从235例其他肠道病毒中检测到1株CVA5，检出率为0.43%(1/235)。此株CVA5为C基因型。结论 2021年云南省文山州手足口病病原体以其他肠道病毒为主，检测到1株CVA5病毒，为C基因型。CVA5病毒可能是文山州手足口病的稀有病原，该病毒在文山州的发现值得注意。
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