基于2b-RAD简化基因组测序的三门湾海域3种优势鱼类群体遗传多样性分析

作者：王星火; 常雪晴; 程方平; 马路阔; 徐旭丹; 王有基; 黄伟^*

来源：海洋渔业, 2021, 43(05): 513-520.

DOI：10.13233/j.cnki.mar.fish.2021.05.001

• 三门湾
• 白姑鱼
• 中华栉孔虾虎鱼
• 龙头鱼
• 2b-RAD
• SNP
• 遗传多样性

为评估浙江省三门湾海域鱼类种质资源现状,采用简化基因组测序技术,对三门湾海域3种优势鱼种(白姑鱼Pennahia argentata、中华栉孔虾虎鱼Ctenotrypauchen chinensis和龙头鱼Harpadon nehereus)进行群体遗传多样性分析。结果表明,白姑鱼、中华栉孔虾虎鱼、龙头鱼获得单核苷酸多态性(SNP)位点分别为125 225个、51 283个、55 128个,变异位点比例分别为1.74%、0.79%、0.54%,多态信息含量(PIC)分别为0.208、0.177、0.221,核苷酸多样性(Pi)分别为0.259、0.219、0.281。其中白姑鱼观测杂合度小于期望杂合度,显示出群体内纯合子较多,杂合子缺失;而中华栉孔虾虎鱼、龙头鱼观测杂合度大于期望杂合度,显示出杂合过度。3种鱼类群体以龙头鱼观测杂合度最高。综合以上SNP位点多样性、多态性信息含量、群体遗传多样性比较结果,三门湾海域3种鱼类群体变异位点比例均较低,相同群体的个体间遗传分化较小,遗传结构较稳定,总体上遗传多样性处于较低水平,应进一步加强资源保护和恢复。

• 单位
  上海海洋大学