摘要
法螺是珊瑚礁“杀手”长棘海星为数不多的自然捕食者之一,是珊瑚礁生态系统的重要保卫者。但是,由于海洋环境变化、人类的过度捕捞、珊瑚礁栖息地被破坏等因素,法螺的自然资源遭受严重破坏,已长期处于濒临灭绝的状态。尽快开展法螺基础研究迫在眉睫,但是该物种的基因组资源有限,阻碍了如生物矿化等分子机制的深入研究。本研究借助于Illumina HiSeq TM2000测序平台完成了法螺两种组织(肌肉与外套膜)的高通量测序工作。测序所得原始序列经筛选、组装之后比对到NR、NT、Swissprot、KEGG、GO和InterPro数据库中获得注释结果,并进行差异基因聚类分析。结果表明,测序共获得109722个Unigene,其中有46239个Unigene得到功能注释,共获得7994个差异表达基因,其中在法螺外套膜组织中有3196个上调,4798个下调。对差异表达基因(differentially expressed genes,DEG)的GO注释和KEGG富集分析显示,高表达的DEG显著富集在典型的生物矿化相关通路中,如糖胺聚糖生物合成硫酸软骨素通路(glycosaminoglycan biosynthesis chondroitin sulfase dermatan sulfate)、磺基转移酶活性(sulfotransferase activity)、钙离子结合(calcium ion binding)等。通过实时定量荧光聚合酶链反应(RT-qPCR)对8个与矿化相关的DEG基因的表达情况进行验证表明,其表达趋势与转录组测序结果一致。本研究中所获得丰富的转录本和全面的转录组信息,增加了法螺基因信息的同时,还为法螺矿化机制的解析提供了一定的数据支持。
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