基于转录组测序挖掘广西麻鸡生长发育相关基因

作者：陈婷; 卢晟盛; 杨丽丽; 李添宝; 张敏; 江明生^*

来源：中国畜牧兽医, 2022, 49(10): 3901-3908.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2022.10.022

• 广西麻鸡
• 腿肌
• 转录组测序
• 差异表达基因

【目的】通过对1和60日龄广西麻鸡腿肌进行转录组测序(RNA-Seq),筛选出广西麻鸡生长发育关键基因。【方法】选择1和60日龄健康母鸡各3只，分别采集腿肌组织，利用Illumina NovaseqTM 6000平台进行mRNA转录组测序，利用DESeq2软件进行差异表达基因的分析，并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析，进一步筛选出生长发育相关基因，并用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果。【结果】转录组测序结果显示，6个样本分别获得34 296 198～41 647 642条clean reads。与1日龄腿肌相比，60日龄腿肌共获得2 304个差异表达基因，其中998个基因上调，1 306个基因下调。GO功能富集分析发现，共获得富集条目572条，其中生物过程381条，细胞组分70条，分子功能121条。KEGG通路富集分析发现，共获得34个显著富集的信号通路，其中心肌收缩、MAPK信号通路、紧密连接、肌动蛋白细胞骨架信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号传导等与生长发育相关。通过GO功能和KEGG通路富集分析获得5个生长发育相关基因，分别为肌球蛋白重链10(MYH10)、肌球蛋白链15(MYH15)、成纤维细胞生长因子10(FGF10)、成纤维细胞生长因子16(FGF16)、肌肉生长抑制素(GDF8)基因，其中MYH10、MYH15、FGF10为上调差异表达基因，FGF16和GDF8为下调差异表达基因。所选差异表达基因实时荧光定量PCR结果与转录组测序的基因表达水平一致，说明转录组测序结果可靠。【结论】本试验通过对广西麻鸡1和60日龄2个不同生长阶段进行转录组测序分析，获得MYH10、MYH15、FGF10、FGF16、GDF8共5个与生长发育相关的关键基因，为后续进一步探讨广西麻鸡生长发育的分子调控机制提供参考。

• 单位
  广西大学