万历三十三年,乙巳京察及其引发的争论打破了万历朝中后期一种微妙平衡状态下的政治生态,不仅促使官员重新审视楚王案与续妖书案,在不复查的前提下,对二事进行翻案;而且还导致舆论对内阁的不满情绪与日俱增,沈一贯备受言路攻诋弹劾,只得注籍不出,最终与沈鲤一同致仕,权力中枢结构发生改变。二事的“改写”,促使沈一贯的形象日趋权奸化、符号化;面对朝臣的相互攻诋,明神宗采用奏疏留中,或者不处理的方式,对朝政的掌控日益衰微。万历朝后期政治生态愈加恶化,终至不可收拾之状态。