农村商业银行股东资格管理在实务中存在着认定关联方关系和发现股权代持关系困难重重、财务数据指标真实性的判断难度较大、入股资金来源穿透审核的“度”难把握、股东资格要求中定性指标的执行尺度不准以及自然人股东资格标准存在明显漏洞等问题。据此,作者建议要重整农村商业银行股东资格管理规范、加强对穿透监管和定性指标执行的监督工作、重点推进对股东资格管理中特殊问题的专门监管以及加强自然人股东资格管理工作。