《专利审查指南》(以下简称《审查指南》)属于国务院部门规章,司法界及学界对其法律适用缺乏全面系统的认识,对遵循何种适用原则并不明确,由此引发诸多问题与争议。本文从法理学、《审查指南》的自身演进、司法导向需求以及域外经验等角度,论证在专利诉讼中正确适用《审查指南》的必要性,并树立应严格贯彻执行"法不溯及既往,从旧兼有利"基本原则的立场,强调准确理解并适用不同版本《审查指南》的相关规定的重要性,为确保《审查指南》在专利诉讼中的正确适用提供建议。