胆道闭锁相关基因的生物信息学分析和功能预测

作者：张宇; 封明轩; 朱建军; 夏强^*

来源：国际消化病杂志, 2020, 40(02): 82-86.

DOI：10.3969/j.issn.1673-534X.2020.02.004

• 胆道闭锁
• 生物信息学
• 细胞外基质

目的运用生物信息学技术分析胆道闭锁发生、发展的潜在生物学过程和关键基因。方法从公共数据库平台(GEO)下载胆道闭锁相关的基因芯片数据,运用R语言分析与胆道闭锁高度相关的差异基因;对差异基因进行KEGG分析后,阐述其主要参与的信号通路。对差异基因构建蛋白质相互作用网络,从中筛选出主要的信息模块。同时,运用GSEA筛选出胆道闭锁中差异较显著的两条信号通路,富集出Core Enrichment Gene与主要模块中的基因做交集,检测不同基因对胆道闭锁诊断的准确度。结果一共筛选出了146个与胆道闭锁紧密相关的差异基因,KEGG分析指出其主要与细胞外基质-受体相互作用及黏附等信号通路相关。构建蛋白质相互作用网络后,从中筛选出含有21个差异基因的模块。GSEA筛选结果指出,在胆道闭锁中差异较显著的两条信号通路为细胞外基质-受体相互作用及黏附。富集出79个Core Enrichment Gene与21个差异基因做交集后得到11个差异基因,其中JUN联合LAMC2在肝组织中的表达诊断胆道闭锁的准确度为96.4%。结论生物信息学分析表明,细胞外基质-受体相互作用及黏附可能与胆道闭锁的发生、发展密切相关,有11个关键差异基因可能在该过程中起到了重要作用,且JUN和LAMC2对于诊断胆道闭锁具有重要意义。

• 单位
  上海交通大学医学院附属仁济医院