水稻第6染色体S5区重叠群构建、基因注释与OS-APH的克隆分析

作者：王宏斌; 刘兵; 黎茵; 冯冬茹; 何炎明; 戚康标; 王金发

来源：中山大学学报(自然科学版), 2006, (06): 67-71.

• 水稻Oryzasativa L.
• S5座位
• 基因注释
• 酰肽水解酶
• 重叠群 rice(Oryza sativa L.)
• S5 locus
• gene annotation
• acylpeptide hydrolase( APH)
• contig

以通过图位克隆所获得的Cosm id克隆R2 I19序列信息为基础,构建了一个长为586 kb的粳稻第6染色体S5座位的BAC重叠群(JS5-BC)。通过生物信息学方法,对JS5-BC进行了基因注释,确定该区域含有46个基因位点。经功能预测,JS5-BC重叠群中存在3个主要的基因家族,分别是木葡聚糖岩藻糖基转移酶、脂酶和黄素氧化还原酶。JS5-BC中注释基因的一个显著特点是功能相关基因密集存在,如与植物细胞壁的合成代谢相关的3个基因、与呼吸链能量代谢的黄素氧化还原酶的4个基因等都是如此。为了验证基因注释的可靠性,克隆了广亲和品种Cp17品种的OSAPH基因的cDNA,并检测了该基因的表达模式,...

• 单位
  中山大学