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摘要
目的应用基因芯片技术对类风湿关节炎(RA) DNA甲基化特征进行研究,探讨DNA甲基化在RA发病机制中的作用。方法随机选取本院门诊确诊为RA的12例女性患者作为RA组,体检的12名健康女性作为对照组,采用Infinium公司的基因芯片对两组受试者进行全基因组Cp G岛DNA甲基化检测,筛选差异甲基化位点,采用Gene Ontology (GO)分析和Pathway分析对筛选基因进行功能分类和通路分析。结果 RA组与对照组相比,共有24 183个Cp G位点甲基化水平发生改变(P<0.05),其中有13 672个高甲基化位点,10 511个低甲基化位点。RA组显著差异甲基化位点共191个,共对应着115个基因,其中高甲基化基因如IL-26、PCSK6、MICB、NCF4、GALNT9、PHF19、ADAMTS4、 ACTN1等,低甲基化基因如CYP2E1、 SMAD3、 SLC1A1、 CD44、 AGPAT1、KCNQ1、AHRR等。GO生物学过程分析显示,差异甲基化基因参与生物学过程富集于:细胞因子介导的信号通路、炎症反应、核转录因子-κB (NF-κB)信号通路、免疫反应调节、T细胞活化、透明质酸的代谢等; Pathway分析显示,RA组特异的差异甲基化基因与沙门菌感染、Toll样受体信号通路、炎性肠病、NF-κB信号通路、TRP通道的炎性介质调节、趋化因子信号通路、TNF信号通路、破骨细胞分化、系统性红斑狼疮等信号通路有关。结论 DNA异常甲基化可能参与了RA的发生发展,异常甲基化的基因可能成为RA评估发病、疾病进展和疾病严重程度的生物标记物或预测因子,也有望成为RA治疗的潜在靶点。
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