基于Luminex悬浮芯片的鼠疫耶尔森菌SNP分型方法研究

作者：朱鹏; 张青雯; 祁芝珍; 崔玉军; 肖潇; 杨瑞馥; 谭周进; 宋亚军

来源：军事医学, 2012, 36(07): 502-507.

• Luminex技术
• 耶尔森菌,鼠疫
• 多态性,单核苷酸
• 基因分型

目的利用Luminex悬浮芯片技术,基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)建立我国鼠疫耶尔森菌东方型菌株(以下简称东方型鼠疫菌)的基因分型方法,为进一步研究东方型鼠疫菌多态性并分析其系统发育关系奠定基础。方法利用多重PCR,同时扩增东方型鼠疫菌中18个具有分型意义的SNP位点,扩增产物进行多重等位基因特异性引物延伸(allele specific primer extension,ASPE)反应以及Luminex悬浮芯片技术分析,随后利用MasterPlex GT V2.3软件计算平均荧光强度(median fluorescence intensity,MFI)比值,判断各SNP位点的碱基状态;并对SNP分型方法的重现性进行评价。结果 Luminex多重SNP技术能够快速、高通量地检测出各SNP位点的MFI值,从而在8 h内一次性成功确定东方型鼠疫菌中18个SNP的碱基状态;36株东方型鼠疫菌基于18个SNP可以分为7个基因型。结论本文建立的Luminex多重SNP检测方法作为一种高通量检测SNP的技术平台,为后期的东方型鼠疫菌SNP分型及系统发育分析奠定了基础。

• 单位
  军事医学科学院; 湖南中医药大学; 病原微生物生物安全国家重点实验室; 青海省地方病预防控制所; 湖南农业大学