提升高校科研经费使用效率是当前我国高等院校科研创新工作亟待解决的重要问题。基于我国教育部直属高校2009—2016年的科技统计资料,采用DEA-Malmquist指数方法,对科研经费使用效率进行静态和动态分析。研究结果表明:各高校科研经费使用效率普遍处于较低水平,且存在较强的波动性和差异性;多数高校科研经费使用的全要素生产率呈现衰退态势,东部地区高校状况相对优于中西部地区;特色型高校科研经费使用的全要素生产率保持较高水平,相对其他综合性大学具有较强优势。