清政府严格限制土司的权力,如严禁土司越境、土司私自延幕等,这些限制措施是土司制度的一部分。清政府还剥夺土司承审命盗案件的司法权、征收钱粮的财政权等土司的核心权力。通过对土司的限制与对土司权力的剥夺,清政府强化了对土司地区的控制,土司地区与内地逐步一体化。土司制度日趋衰落,到清末,广西、贵州等地土司"名虽土官,实已渐同郡县",许多地区的土司已名存实亡。