国家现有课题经费管理制度并没有充分认识科研自由的权利属性,是一种经费支配人的物化逻辑,课题经费管理依赖行政权力而形成管制模式。从科研自由出发,国家课题经费治理现代化的路径包括远期方案与近期方案,远期方案是强调把课题经费资助理解为国家对科研自由的保障义务,科研人员对课题经费使用具有高度自治权,强调科研人员支配课题经费的人性逻辑;近期方案是在科研越轨行为的处理方面,要认真对待"形式违法、目的合理"的违法阻却事由,不得动辄以贪污罪追究科研人员侵占或骗取课题经费的刑事责任。