中国HIV-1 B′亚型毒株不同基因区与全长基因组系统进化比较

作者：李喆; 杨尧; 魏静; 冯毅; 邢辉; 何翔; 邵一鸣

来源：病毒学报, 2012, (04): 366-371.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.002291

• HIV-1B′亚型
• pol基因
• 近全长基因组 HIV-1 subtype B′
• Near full-length genome sequence
• pol gene

本研究旨在探索不同基因区的使用对HIV-1B′亚型毒株系统进化分析结果的影响。首先利用既往研究中已发表的共计47条来自泰国,缅甸和中国多个地区不同传播途径的B′毒株近全长基因组序列,将其按基因区分为不同的数据集(gag,pol,vif,vpr,vpu,env,nef),并分别进行系统进化分析研究。比较不同基因区系统进化分析的结果发现,B′亚型毒株pol基因在分析的基因区中,具有最低的复杂度和进化速率,可以较好的区分B′TH和B′YN毒株,重复近全长基因组序列的分析结果;尽管env基因则具有最高的复杂度和进化速率,但无法获得类似结果。本研究比较了不同基因区对HIV-1B′亚型毒株系统进化分析结果...

• 单位
  南开大学; 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心; 传染病预防控制国家重点实验室