鸭疫里默氏菌感染对鸭肠道菌群结构的影响

作者：陶志云; 朱春红; 施祖灏; 徐文娟; 章双杰; 宋卫涛; 刘宏祥; 李慧芳^*

来源：中国畜牧兽医, 2021, 48(06): 2129-2139.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2021.06.026

• 鸭疫里默氏菌
• 16S rDNA
• 鸭
• 肠道菌群结构

试验旨在分析鸭疫里默氏菌(RA)感染不同时期鸭肠道菌群结构变化规律,探讨鸭疫里默氏菌对鸭肠道微生物的影响及引起鸭致病的可能机制。采用细菌16S V4-V5区扩增通用引物,扩增鸭疫里默氏菌未感染组(鸭疫里默氏菌感染0 d组),鸭疫里默氏菌感染后1、2、3、5、9和14 d的鸭直肠内容物样本DNA,将扩增得到的产物进行DNA建库后基于Ion S5TMXL测序平台测序。测序得到的Raw Reads数据总量为4 710 688条序列,平均每个样本84 119条序列。共注释到数据库的操作分类单元(OTUs)数目为4 528。Alpha多样性分析结果表明,菌群多样性指数Shannon和Simpson在鸭疫里默氏菌感染组和未感染组间差异不显著(P>0.05),菌群丰富度指数Chao1、Ace、Observed-species和PD-whole-tree在鸭疫里默氏菌感染后0～5 d逐渐降低,从5～14 d又逐渐增加,尤其在鸭疫里默氏菌感染后3和5 d均显著低于未感染组(P<0.05)。Beta多样性分析表明,未感染组与6个时间点的感染组间菌群差异均显著(P<0.05),其中,未感染组与感染后3 d的物种差异最大,之后依次为感染后2、5、9、1和14 d。物种丰度聚类热图显示,在未感染组和不同时间感染组,物种丰度相对较高的微生物菌属均不同。在门水平,鸭疫里默氏菌感染组主要以厚壁菌门(Firmicutes)、unidentified-Bacteria、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)及变形菌门(Proteobacteria)为主;在属水平,Bacteroides在感染组和未感染组均为优势菌属,感染组中弯曲杆菌属(Campylobacter)和梭杆菌属(Fusobacterium)明显增加。本试验分析了鸭疫里默氏菌未感染组和感染不同时间组肠道菌群的差异,寻找到一些特征菌属,可为鸭疫里默氏菌的致病性研究提供理论依据。

• 单位
  江苏省家禽科学研究所; 谱尼测试集团江苏有限公司