用聚丙烯酰胺凝胶电泳对南瓜属三个栽培种(即中国南瓜、美洲南瓜和印度南瓜)的41个品种的子叶进行了过氧化物酶同工酶分析。结果表明:南瓜属的遗传多样性非常丰富,共产生了10条酶带;其中,中国南瓜品种间差异最大,印度南瓜品种间差异最小。聚类之后发现:中国南瓜和美洲南瓜关系最近,与印度南瓜关系较远,但不能把所有的中国南瓜和美洲南瓜品种聚在各自的群落。