硒都黑猪AOPEP基因SNP筛选鉴定及其与肌内脂肪含量的关联分析

作者:周佳伟; 杨涛; 张宇; 吴俊静; 乔木; 徐忠; 李梓芃; 冯越; 彭先文; 陈洪波; 梅书棋*
来源:中国畜牧杂志, 2023, 59(08): 191-201.
DOI:10.19556/j.0258-7033.20230630-03

摘要

肌内脂肪(IMF)含量是影响猪肉风味的重要指标。本研究通过重测序方法筛选出影响猪IMF含量的SNP位点,并进一步利用SANGER测序法在硒都黑猪群体中筛选鉴定出猪AOPEP基因rs340610840、rs3470100435、rs34724762003个SNPs位点。通过关联分析发现这3个SNPs位点均与IMF含量显著相关,且3个SNPs位点紧密连锁,所构成的不同单倍型组合也与IMF含量显著相关。通过RNA稳定性分析发现,rs3470100435的C>A突变导致编码氨基酸由精氨酸变成甲硫氨酸,显著影响了AOPEPmRNA质心二级结构,且AOPEP蛋白与AGT、KRR1、LDLRAP1等10个蛋白存在相互作用。本研究发现了3个影响猪IMF含量的分子标记,且rs3470100435位点导致AOPEPmRNA二级结构发生变化,AOPEP可能与AGT和LDLRAP1蛋白互作,进而影响IMF性状。

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