基于转录组RNA测序分析牙髓炎中的核心基因

作者：高原; 朱晓东; 李梦圆; 王宇萌; 徐青清; 张光东^*

来源：口腔生物医学, 2021, 12(02): 110-114.

• 牙髓炎
• 核心基因
• 生物标志物
• 转录组RNA测序
• 生物信息学分析

目的:筛选炎症牙髓与健康牙髓的差异表达基因。方法:对5例炎症牙髓样本和6例健康牙髓样本进行转录组RNA测序,筛选差异表达基因,进行生物信息学分析。结果:一共筛选出1 216个差异表达基因,包括831个上调基因和385个下调基因。GO分析结果显示,差异基因主要富集于炎症反应、免疫反应和细胞粘附等功能; KEGG通路分析表明,差异基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、破骨细胞分化等炎症相关通路。基因集富集分析结果也富集于炎症反应通路、TNF-α信号通路以及IL6/JAK/STAT3信号通路。根据PPI网络中的节点连通度,共筛选出10个与牙髓炎相关的核心基因:PTPRC、ITGAM、CD86、IL10、TLR4、ITGB2、TYROBP、SPI1、LCP2、TLR2。结论:炎症牙髓与健康牙髓在整体基因表达上存在较显著的差异,差异表达基因大多富集于炎症和免疫反应的功能及信号通路,相关基因具有作为牙髓炎诊断生物标志物的潜在价值。

• 单位
  南京医科大学附属口腔医院