从1例急性弛缓性麻痹患儿分离到的埃可病毒33型全基因组序列分析

作者：袁芳; 周娟; 曹慜; 张薇; 马学旻; 马江涛; 魏新峰; 马学平; 王青利^*

来源：中国病毒病杂志, 2023, 13(06): 436-442.

DOI：10.16505/j.2095-0136.2023.6005

• 急性弛缓性麻痹
• 肠道病毒
• 全基因组
• 遗传进化分析
• 重组分析

目的 了解2015年宁夏地区埃可病毒33型（echovirus type 33,E33）分离株基因特征，为今后的科学防控提供参考。方法 将2015年急性弛缓性麻痹（acute flaccid paralysis,AFP）监测系统中收集到的病例粪便标本和密切接触者粪便标本按照监测方案要求进行处理后，接种于人恶性胚胎横纹肌瘤（human rhabdomyosarcoma,RD）细胞，分离获得病毒后，提取病毒RNA，通过扩增肠道病毒完整VP1区序列鉴定型别，选取2株采用Illumina全基因测序方法进行全基因组序列测定。用MegaX、DNAstar进行遗传进化分析，利用RDP4和SimPlot3.5.1进行重组分析。结果 分离的4株毒株均扩增到完整VP1区序列，鉴定为E33病毒，将测序获得的2株全基因组序列与GenBank中下载的E33原型代表株Toluca-3的全基因组序列比较，核苷酸相似性为79.9%，氨基酸同源性为95.7%。基于E33 VP1区843 bp核苷酸序列构建系统进化树，宁夏地区分离到的E33分离株属于C2亚型，与湖南、江苏、新疆等地流行的E33属于同一亚型，氨基酸序列同源性和核苷酸序列相似性较高。基于全基因组序列和P1、P2、P3区序列分别构建系统进化树，结果显示宁夏地区流行的E33在全基因组进化树上与新疆地区流行的EV-B85聚类，未与E33原型株聚类。宁夏地区流行的E33在P1区基因进化树上与E33原型株聚类，在P2、P3区基因进化树与EV-B85聚类。用RDP4和Sim Plot3.5.1软件进行重组分析后证实宁夏地区流行的E33为重组株，在P1区与E33原型株重组，在P3区与EV-B85重组。结论 宁夏地区流行的E33为E33原型株和EV-B85重组形成的新的重组病毒，有关该重组株的致病性有待进一步的研究。

• 单位
  宁夏回族自治区疾病预防控制中心; 宁夏回族自治区人民医院