基于TCGA数据库筛选结直肠肿瘤K-RAS突变相关lincRNA

作者：白雪; 贺平^*

来源：天津医药, 2020, 48(07): 616-620.

• 结直肠肿瘤
• 预后
• 基因,ras
• 基因间长链非编码RNA
• K-RAS突变
• lincRNA AL390719.2

目的筛选结肠直肠癌(CRC)中与鼠类肉瘤病毒癌基因K-RAS突变相关的基因间长链非编码RNA(lincRNA)。方法使用来自癌症基因组图谱(TCGA)的RNA-Seq和临床数据来鉴定CRC中与K-RAS突变相关的lincRNA。受试者工作特征(ROC)曲线分析差异表达的lincRNA与K-RAS野生型或突变型CRC 5年和10年生存率的关系,筛选关键的lincRNA。通过Kaplan-Meier生存曲线分析关键lincRNA表达对患者5年和10年生存率的影响,同时分析关键lincRNA与患者临床特征的关系。结果共分析了585个癌组织和51个正常组织样品的RNA-Seq数据。从数据中获得6452个lincRNA,其中有85个上调,40个下调。筛选出12个在K-RAS突变CRC中差异表达的lincRNA,其中AL390719.2为具有K-RAS突变的关键lincRNA。生存分析结果显示,在K-RAS突变型中lincRNA AL390719.2表达与患者10年生存率(Log-rankχ2=10.740,R=3.255,P=0.002)和5年生存率(Log-rankχ2=11.720,HR=3.142,P=0.001)有关,在K-RAS野生型中lincRNA AL390719.2表达与预后无关(10年:Log-rankχ2=1.400,HR=0.822,P=0.221;5年:Log-rankχ2=1.997,HR=0.774,P=0.086)。高表达AL390719.2的患者临床分期较晚,容易出现淋巴结转移和远处转移。结论 lincRNA AL390719.2高表达与K-RAS突变型CRC的不良预后相关,可能是CRC新的预后标志物和治疗靶点。

• 单位
  西南医科大学