腹泻试验兔粪便菌群变化的研究

作者：张江; 邢志刚; 顾永豪; 刘影^*

来源：现代畜牧兽医, 2023, (05): 19-23.

• 试验兔
• 腹泻
• 16S rRNA基因测序
• 菌群组成
• 菌群多样性

试验旨在研究试验兔腹泻与粪便菌群之间的关系，通过16S rRNA基因测序对腹泻试验兔和健康试验兔的粪便菌群组成及丰度进行了研究。结果显示：共测得369 888条有效序列，得到1 738个OTUs，隶属于14个门、21个纲、53个目、97个科及217个属。腹泻晚期试验兔的粪便菌群α多样性指数显著降低（P<0.05），微生物丰富度显著下降（P<0.05）。腹泻粪便中厚壁菌门（Firmicutes）、梭状芽孢杆菌纲（Clostridia）、颤螺目（Oscillospirales）、毛螺目（Lachnospirales）、毛螺旋菌科（Lachnospiraceae）、瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）及瘤胃球菌属（Ruminococcus）丰度明显下降，变形菌门（Proteobacteria）、γ变形杆菌纲（Gammaproteobacteria）、拟杆菌目（Bacteroidales）、肠杆菌科（Enterobacteriaceae）及埃希氏-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）丰度明显升高。腹泻兔和健康兔粪便中有309个OTUs存在显著差异（P<0.05）,250个OTUs存在极显著差异（P<0.01）。LDA值大于2.4的菌群有38个，腹泻试验兔粪便中有5个显著差异菌群（LDA>3.6），分别为肠杆菌目（Enterobacterales）、肠杆菌科（Enterobacteriaceae）、埃希氏-志贺氏菌（Escherichia-Shigella）、Tissierellales菌及亨得特拉菌（Hungatella）。研究表明，腹泻兔粪便菌群多样性下降，菌群组成变化显著，肠杆菌目、肠杆菌科、埃希氏-志贺氏菌、Tissierellales菌及亨盖特拉菌为试验兔腹泻的生物标记。

• 单位
  上海农林职业技术学院