一种快速可变剪接模式搜索算法的研究

作者：张欣; 赵静; 王庆康; 曹志伟

来源：高技术通讯, 2006, 16(10): 1051-1055.

DOI：10.3321/j.issn:1002-0470.2006.10.014

• 可变剪接
• 联配搜索
• 算法
• EST

提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT软件的比较结果显示,在达到相同计算精度的前提下,ASDT的搜索速度是BLAT的2到16倍.根据ASDT算法开发的工具可以在以下网址获得: .

• 单位
  上海交通大学; 生命科学技术学院; 薄膜与微细技术教育部重点实验室; 上海生物信息技术研究中心