轻重症及转归阶段的COVID-19患者免疫细胞的单细胞转录谱分析

作者：王正; 张倩月; 宋怀东^*

来源：复旦学报(医学版), 2022, 49(02): 213-225.

DOI：10.3969/j.issn.1672-8467.2022.02.009

• 新型冠状病毒肺炎(COVID-19)
• 严重急性呼吸综合征冠状病毒-2
• 单细胞转录组(scRNA-seq)
• 外周血单个核细胞(PBMC)

目的 构建轻重症及转归阶段的新型冠状病毒肺炎（corona virus disease 2019,COVID-19）患者和健康对照的外周血单个核细胞（peripheral blood mononuclear cell,PBMC）的单细胞转录图谱，分析疾病进展及恢复与宿主免疫反应之间的关系。方法 从公共数据库中获取健康对照和COVID-19重症、轻症、恢复早期、恢复晚期患者PBMCs的单细胞转录组（single-cell RNA sequence,scRNA-seq）测序数据，根据每个细胞的表达谱将细胞进行聚类后，根据已知的细胞标志物确定每个聚类的细胞亚型，统计并比较每个细胞亚型的比例，并对轻重症及转归阶段细胞的差异表达基因进行分析。结果 控制数据质量后得到的115 334个PBMCs分成22个细胞亚群。CD14+单核细胞、炎症性单核细胞、na?ve B细胞和中间记忆B细胞在重症患者PBMCs中明显升高；增殖性CD8+T/NK细胞在重症患者T细胞中的比例明显升高；XCL1+NK细胞在重症患者PBMCs中明显降低；cDC2细胞、pDC细胞在恢复期患者PBMCs中明显升高。随着疾病的缓解与康复，PBMCs中NK细胞的比例逐步升高。疾病期与康复期的PBMCs中与白细胞活化、白细胞黏附相关的基因均有上调。结论 轻重症及转归阶段的COVID-19患者PBMCs在细胞比例和表达谱上变化较大。

• 单位
  上海交通大学医学院附属第九人民医院