创新生态系统是在开放式创新理论的基础上发展起来的,是各个利益主体综合多要素形成的密切配合、协调互动的综合系统。有必要构建创新生态系统资源配置效率评价指标体系,如科技人力资源、财力资源、物力资源与信息资源的投入及知识、经济产出多个指标的多维复合体系,构建三阶段DEA模型对企业、高校和科研机构等多个利益主体的资源配置效率进行测度。实证研究表明,在三个利益主体中,科研机构的创新资源配置处于技术效率前沿面,创新资源配置实现了最优化。