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摘要
目的探讨荔枝核干预结肠腺癌(COAD)进展和转移的黄酮类成分和作用靶点。方法通过DRAR-CPI和SWISS数据库检索荔枝核中19个黄酮类化合物的潜在作用靶点。从TCGA数据库下载COAD基因表达数据和临床特征数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)法建立COAD的基因共表达网络和识别共表达模块,以共表达模块和潜在作用靶点中共同靶点作为化合物干预COAD的作用靶点。通过String数据库进行蛋白互作网络分析、KEGG和GO分析。通过cytoHubba插件提取Hub基因作为COAD潜在生物标志物,通过Cytoscape建立成分、靶点、通路的互作网络。HPA数据库验证潜在生物标志物的表达,通过分子对接技术虚拟筛选与潜在生物标志物作用的化合物。结果经WGCNA分析得到18个共表达模块,其中7个模块与生存时间、肿瘤分期等临床特征相关,turquoise模块与COAD进展转移相关。荔枝核中19个黄酮类化合物作用于380个潜在作用靶点,选择与turquoise模块重复的34个靶点作为作用靶点,GO分析结果显示作用靶点富在304个GO条目,其中生物过程229条、细胞组成31条、分子功能44条;KEGG分析结果显示作用靶点富集在癌症通路、细胞周期、孕酮介导的卵母癌症途径、细胞衰老、p53信号通路等40条通路。CytoHubba筛选得到CDC25A、CDC25C、CCNB2、AURKB基因作为COAD进展转移相关的潜在生物标志物。HPA数据库免疫组化结果显示,与癌旁组织相比,COAD组织中CDC25C、AURKB、CCNB2蛋白表达升高(P<0.05),与TCGA数据集中基因表达量一致。通过分子对接初步筛选得到柚皮芸香苷、原花青素A2、根皮苷、表儿茶素可通过氢键等与CDC25A、CDC25C、AURKB结合较好。结论 CDC25A、CDC25C、CCNB2、AURKB可作为COAD进展和转移密切相关的潜在生物标志物。荔枝核黄酮类化合物干预COAD进展和转移的机制可能与黄酮类化合物调控细胞分裂、细胞周期G2/M期转变等生物过程进而调节癌症途径、p53信号通路等信号通路有关,其中柚皮芸香苷、原花青素A2、根皮苷、表儿茶素、芦丁可能是CDC25A、CDC25C、AURKB的潜在抑制剂。
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