狐源犬瘟热病毒HBF-1株全基因组序列测定及其分析

作者：卜研; 薛向红; 闫喜军^*; 朱翔宇; 胡博; 史宁

来源：中国兽医学报, 2020, 40(03): 510-540.

DOI：10.16303/j.cnki.1005-4545.2020.03.11

• 犬瘟热病毒
• 全基因组序列测定
• 序列分析

通过比对GenBank中已发表的21株犬瘟热病毒全基因组序列,利用Primer Premier5.0设计了首尾重叠的11对特异性引物,对1株适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1的全基因组进行RT-PCR扩增。将扩增获得的11个特异性目的片段分别连接到pEASY-Blunt载体,筛选出阳性克隆子。经过反复测序后,对11个片段的序列进行拼接最终获得了HBF-1株全基因组序列。利用DNAstar和MEGA6.0软件,分析HBF-1株与其他已公布CDV序列遗传进化关系。结果显示,适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1基因组全长为15 690 bp,与最初分离株Hebei株的同源性高达为99.8%,与国内黑龙江分离株HLJ-06的亲缘关系较近,同源性为98.5%,同经典疫苗株的亲缘关系相对较远,同源率为92.7%。HBF-1是分离株Hebei的Vero-dSlam细胞适应株,对二者基因编码区的序列比对,共出现13处氨基酸突变。其中,P蛋白突变率为0.39%,H蛋白突变率为0.33%,是2个变异率最高的结构蛋白。这些变异很有可能是病毒在适应Vero-dSlam细胞过程中形成的,但它们对HBF-1的致病性和毒力强弱是否存在影响,后续我们将深入研究。因此,开展细胞适应株HBF-1的全基因组序列测定及序列分析,对未来研究强毒株与Slam受体互作关系,及强毒株的致弱机制提供基础。

• 单位
  中国农业科学院特产研究所