分子动力学模拟LINCS约束算法的GPU并行化

作者：刘忠亮; 李晓霞; 石静; 郭力; 孔滨; 杨小震

来源：计算机与应用化学, 2012, (08): 907-912.

DOI：10.16866/j.com.app.chem2012.08.002

• 分子动力学(MD)
• LINCS约束算法
• GPU
• CUDA
• GROMACS molecular dynamics(MD)
• LINCS constraint algorithm
• GPU
• CUDA
• GROMACS.

分子动力学模拟(Molecular Dynamics,MD)是计算化学和生物模拟领域一种重要的计算手段,由于计算强度大,目前MD可模拟的时空尺度还不能满足真实物理过程的需要,计算速度是其主要瓶颈之一。2007年以来,比CPU具有更强大的存储器带宽和计算能力的GPU(Graphics Processing Units)的可编程能力获得了显著提升,为数值计算的并行加速提供了一种新的选择。除了使用并行技术加速MD,合理地使用约束算法可增大模拟的时间步长以降低MD计算量。本文首次建立了GPU加速的LINCS(Linear Constraint Solver)约束算法GMD_LINCS,使用线程组织、合...

• 单位
  多相复杂系统国家重点实验室; 中国科学院过程工程研究所; 高分子物理与化学国家重点实验室; 中国科学院化学研究所; 中国科学院研究生院