本发明提供海岸带综合承载力评估与决策系统,包括模型库、生态资产评估单元、承载力计算单元、主体功能区规划单元、知识库、数据库。本发明还提供一种海岸带综合承载力评估与决策系统的运作方法,将生态资产和承载力的结合到主体功能区划模型中,用以指导海岸带的合理规划开发,实现海岸带开发的智能化和科学化。