广丰千金薯烟草花叶病毒lncRNA测序鉴定、原核蛋白表达及其序列分析

作者：尹明华; 张艳红; 李淑娟; 段俊; 蒋晓峰

来源：中草药, 2023, 54(11): 3666-3675.

• 广丰千金薯
• 烟草花叶病毒
• lncRNA测序鉴定
• 原核蛋白表达
• 序列分析

目的 对广丰千金薯Dioscorea polystachya Turczaninow. cv. Guangfeng Qianjin烟草花叶病毒进行鉴定、原核蛋白表达和序列分析，为广丰千金薯脱毒苗的培育和鉴定提供理论依据。方法 通过lnc RNA测序鉴定广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白基因，利用大肠杆菌重组技术表达广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白，并采用生物信息学方法进行序列分析。结果 广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白基因包括复制酶1(ORF1)、复制酶2(ORF2)、RNA聚合酶、运动蛋白（movement protein,MP）、带电蛋白和外壳蛋白（coat protein,CP）；广丰千金薯烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶、带电蛋白、ORF1和ORF2基因c DNA总长度分别为480、807、1425、123、4851、3351 bp，其蛋白分别由159、268、474、40、1613和1114个氨基酸组成；广丰千金薯烟草花叶病毒蛋白除带电蛋白为疏水性蛋白质外，其余如ORF1、ORF2、RNA聚合酶、运动蛋白和外壳蛋白均为亲水性蛋白质；广丰千金薯烟草花叶病毒带电蛋白二级结构由β-片层和无规则卷曲构成，CP、MP、RNA聚合酶、ORF1和ORF2的二级结构均由α螺旋、β-片层、无规则卷曲构成；广丰千金薯烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶、带电蛋白、ORF1和ORF2三级结构均为单体；广丰千金薯烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶、带电蛋白、ORF1和ORF2的亚细胞定位分别为内质网、细胞核、细胞质、细胞核、线粒体、叶绿体；广丰千金薯烟草花叶病毒CP、MP、RNA聚合酶、带电蛋白、ORF1和ORF2与烟草花叶病毒的亲缘关系较近，同源性分别为99.79%、99.38%、99.23%、100%、99.38%、99.49%；广丰千金薯烟草花叶病毒复制酶、RNA聚合酶、MP和CP可实现大肠杆菌重组表达，表明广丰千金薯烟草花叶病毒的lnc RNA测序结果准确。结论 广丰千金薯烟草花叶病毒与烟草花叶病毒同源性极高，氨基酸序列及核酸序列与烟草花叶病毒其他植物分离物相似度高，在进化上高度保守。

• 单位
  生命科学学院; 上饶师范学院; 上饶农业技术创新研究院