原核表达中优化起始密码下游序列的软件设计与实现

作者：许龙; 李涛; 周晓巍; 黄培堂

来源：生物工程学报, 2006, 22(06): 1032-1035.

DOI：10.3321/j.issn:1000-3061.2006.06.028

• DB序列
• 16SrRNA
• 序列匹配性
• 基因表达
• 软件设计

在原核表达中影响外源基因表达效率的因素有很多,这其中翻译起始效率起了非常重要的作用。翻译起始效率又主要受SD序列、SD序列与起始密码子之间的间距、DB(DownstreamBox)序列、mRNA翻译起始区(TIR)的二级结构和稀有密码子等因素的影响。主要针对DB序列和5′端稀有密码子的优化设计了软件。通过计算机对序列进行分析比对后,按照匹配碱基数、匹配位置、密码子使用频率平均值的顺序进行排序,给出一些优化序列,并给出了软件算法。

• 单位
  军事医学科学院