KRAS突变对人肺腺癌转录组影响的生物信息学分析

作者：张皓旻; 陈红飞; 杨波; 迟小华; 郭斌; 席义博; 陈熙勐; 贺培凤^*; 卢学春^*

来源：转化医学杂志, 2019, 8(02): 75-79.

• KRAS突变
• 肺腺癌
• 转录组
• 生物信息学

目的鼠肉瘤病毒致癌基因(Kirsten rat sarcoma viral oncogene,KRAS)突变型肺腺癌是临床常见肺癌亚型,发病机制不清,预后不良。推测可能与KRAS突变对整个基因组的影响有关。本研究通过对KRAS突变型肺腺癌的转录组分析,探讨其预后不良和耐药的组学机制。为研究KRAS突变型肺腺癌的发病机制和临床治疗提供指导。方法从公共基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载KRAS突变型肺腺癌的转录组数据库,首先利用R语言Impute程序包进行数据标准化,然后利用Limma程序包筛选差异基因,最后利用Robust rank aggregation算法筛选显著性基因。为进一步研究其表观调控机制,我们利用R语言Clusterprofile程序包和STRING数据库分别进行了KEGG pathway分析和蛋白质互作网络分析。结果KRAS突变对全转录组影响复杂,包括改变细胞周期促进肿瘤细胞异常增殖;影响白细胞介素-17信号通路促炎反应导致免疫耐受,促进肿瘤生长;影响细胞色素P450信号通路导致耐药。结论 KRAS突变能够引起整个基因组发生异常变化,并与促进肿瘤生长、抑制抗肿瘤免疫以及耐药相关基因的表达密切相关。

• 单位
  解放军总医院; 山西医科大学; 中国人民解放军第二炮兵总医院