基于基因分型测序(GBS)技术分析鲂鲌鱼类及其杂交子代的遗传结构

作者：刘凯; 冯晓宇; 沈玉帮; 马恒甲; 李家乐; 郭炜; 谢楠^*

来源：水产学报, 2021, 45(08): 1307-1316.

• 三角鲂
• 翘嘴鲌
• 蒙古鲌
• 杂交
• 单核苷酸多态性
• 基因结构
• 基因分型测序

为利用基因分型测序(GBS)技术对三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代的遗传结构进行分析。本研究采用GBS技术对三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代(F1)共6个个体的鳍条提取总DNA进行双酶切简化基因组测序,使用Stacks软件构建SNP比对参考基因组进行分析。结果显示,6个个体共产生clean data 7.01 GB,平均每个样品1.17 GB;将所有样本作为一个群体检测SNP变异,共检测出SNP位点399 145个,质控过滤后得到SNP位点97 911个。基于亲本及其子代的SNP位点分析表明,亲本及其子代的平均观测杂合度(Ho)为0.339 4,平均期望杂合度(He)为0.285 3,平均多态性信息含量(PIC)为0.273 7,平均核苷酸多样性(Pi)为0.372 7,平均最小等位基因频率(MAF)为0.247 2,平均可分型样品比例(genotype rate)为93.94%。遗传分化指数和遗传距离分析结果表明,三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代间的分化指数为0.309 6～0.894 0,遗传距离为0.370 5～2.244 3。使用最大似然(ML)法构建的系统进化树显示,三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代区分明显。本研究通过对三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代的遗传结构分析,将为鲂鲌鱼类的杂交选育提供更多的遗传学数据。

• 单位
  上海海洋大学; 杭州市农业科学研究院