近年来,随着人民生活水平的不断提高,对肉蛋奶的需求也逐渐加大,畜牧业在农业生产总值中的比重越来越高,是我国重要的民生工程。为了能让老百姓吃上放心肉,保障食品安全,国家对畜牧行业的扶持力度逐年增大。畜牧类事业单位作为国家管理畜牧行业的主管部门,承担着对畜牧业发展的指导、规划及监管任务,随着国家对畜牧业的支持加大,各种项目资金种类繁多,对畜牧事业单位财务内控制度的建设提出了新的挑战。本文对我国畜牧事业单位财务内控制度存在的问题进行分析,并结合实践提出相应的对策。