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摘要
为探究瓦氏雅罗鱼(Leuciscus waleckii) slc26基因家族在Cl–、HCO3–等阴离子转运过程中的作用机制,基于瓦氏雅罗鱼基因组及转录组数据,结合生物信息学方法对slc26家族进行了基因鉴定、表达及进化分析。利用同源比对的方法,从瓦氏雅罗鱼基因组中共鉴定到10个slc26基因家族成员,分布在瓦氏雅罗鱼的6条染色体上,分别命名为slc26a1、slc26a2、slc26a3.1、slc26a3.2、slc26a4、slc26a5、slc26a6、slc26a6l、slc26a10和slc26a611。系统发育和模体分析显示,slc26a3.1、slc26a3.2和slc26a4同源性较高,slc26a5、slc26a6和slc26a6l同源性较高,slc26a1、slc26a2和slc26a10同源性较高,而slc26a11与其他9个基因的同源性相对较低,单独聚类;RNA-seq和实时荧光定量分析显示,50 mmol/L Na HCO3碱度胁迫下瓦氏雅罗鱼slc26家族不同成员呈现出一定的组织表达特异性,即slc26a3.1、slc26a3.2和slc26a4在肠组织高表达,slc26a5、slc26a6和slc26a6l在鳃和脑组织高表达,slc26a1、slc26a10和slc26a11在肾组织高表达,slc26a2在肝脏高表达,亲缘关系与表达结果基本一致。基于基因组重测序数据,统计了slc26基因在瓦氏雅罗鱼碱水种群(23尾)和淡水种群(15尾)的SNPs位点,以Fst top 10%为基准,筛选出12个共享的潜在候选SNPs,通过进一步基因型性状关联分析鉴定出5个SNPs位点在碱水种群和淡水种群存在显著的遗传分化(P<0.05)。本研究结果将为瓦氏雅罗鱼酸碱调控机制的深入解析提供理论依据。
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