非序列比对软件SeqDistK在微生物菌群分类中的应用

作者：刘雪梅; 黄管大; 黄天来

来源：华南理工大学学报(自然科学版), 2019, 47(11): 71-77.

• k-mer
• 非序列比对
• SeqDistK
• 16S rRNA
• 聚类

用非序列比对方法研究微生物菌群的分类是目前生物信息学中的一个热门领域.文中开发了一种基于k-mer统计的非序列比对软件SeqDistK. SeqDistK可通过开源网站https:∥github. com/htczero/SeqDistK获得,具有在微生物菌群分类中运算速度快、准确度高的优点,而且具有适应大型数据研究的潜力.利用SeqDistK对63条已知分类的16S rRNA基因序列所算出的距离矩阵进行菌群聚类,发现所得聚类结果与已有的分类基本一致.SeqDistK能准确地对微生物菌群样本序列进行聚类,可作为一个有效的从分子生物学角度分析系统发育学的软件.

• 单位
  华南理工大学