E.331型制动控制系统是一种分布式、模块化、集成化的制动控制系统,该型制动控制系统通过CAN通信方式实现多机重联通信,通过气路冗余和控制冗余方式实现核心功能模块之列车管控制模块功能冗余、单独制动模块功能冗余以及分配阀控制模块功能冗余。与此同时,E.331型制动控制系统符合GOST-R标准要求,已在出口至乌兹别克斯坦2O’Z-ELR型和2O’Z-UY型机车装车运用。