基于生物信息学分析Notch3通路在胃肠道肿瘤中预后作用

作者：刘梦杰; 翟子雨; 华旭; 华子春^*

来源：基因组学与应用生物学, 2022, 41(04): 877-889.

DOI：10.13417/j.gab.041.000877

• Notch3
• 胃癌
• 结肠癌
• 生物信息学
• 预后

本文旨在探讨Notch3通路基因在胃肠道肿瘤中预后的作用。通过Timer和GEPIA数据库在泛癌水平探索Notch3表达模式；利用GEO数据库中GSE31168和GSE11417芯片数据集，基于Spearman相关性分析和差异表达分析，对Notch3通路关键基因进行筛选；基于TCGA-STAD和TCGA-COAD数据集探索Notch3表达水平和胃癌、结肠癌患者生存的关联；应用Notch3特征基因进行胃癌和结肠癌风险评估模型构建。结果显示，Notch3在胃癌和结肠癌组织中的表达均高于对照的。胃癌Notch3表达水平与DLL1、DLL3、HEY1、HEYL、FLT4成正相关性，且Notch3、DLL1、DLL3、HEY1、HEYL、FLT4的高表达也与胃癌的预后不良呈正相关。利用结肠癌GSE11417研究表明，结肠癌Notch3表达水平与DLL1、DLL3、HEYL、FLT4成正相关性，且Notch3、DLL1、DLL3、HEYL、FLT4的高表达与结肠癌的预后不良成正相关。依据Notch3、DLL1、DLL3、HEYL和FLT4特征基因，构建的胃癌和结肠癌风险评估模型在TCGA中具备预后预测价值，且结肠癌优于胃癌。该特征基因高表达提示胃肠道肿瘤不良预后，这为其机制研究和预后分析提供一种新思路。

• 单位
  常州南京大学高新技术研究院; 生命科学学院; 南京大学; 医药生物技术研究所