基于SNP芯片分析安庆六白猪群体遗传结构

作者：时坤鹏; 刘莹; 张志勇; 吴睿; 丁月云; 张晓东; 郑先瑞; 殷宗俊^*

来源：中国畜牧杂志, 2022, 58(08): 136-140.

DOI：10.19556/j.0258-7033.20220610-06

• 安庆六白猪
• 遗传结构
• 亲缘关系
• 近交系数

为了更好地保护和利用安庆六白猪这一优良种质资源，本实验使用“中芯一号”（Illumina CAUPorince50KSNP）芯片对118头健康成年安庆六白猪个体进行了SNP分型，其中包括18头公畜，100头母畜，平均检出率达98.86%。首先通过Plink(V1.90)与R语言软件对该群体进行主成分分析，发现18头公畜大致形成4个群落，100头母畜随机分布。其次，利用Gmatrix(V2)与R语言软件进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析。118头安庆六白猪群体中个体间平均IBS遗传距离值为0.276 9±0.041 7，公猪个体间平均遗传距离值为0.273 8±0.042 0。通过对群体中每个个体的ROH统计，共检测出3 847个ROH片段，平均每个个体中大约有33个ROH片段且ROH总长度约为255.19 Mb，群体的平均近交系数值为0.107，证明该群体近交积累较多。最后使用邻接（Neighbor-Joining, NJ）法并且基于G矩阵结果对该群体进行了家系划分，将18个公畜样本划分为5个家系。通过上述多种分析发现该群体内个体间有一定的近交趋势，所以之后在针对该群体的育种与保种上尽量谨慎配种，避免群体内过度近交导致严重的近交劣势。

• 单位
  望江县现代良种养殖有限公司; 动物科技学院; 安徽农业大学