基于生物信息学筛选脓毒症中性粒细胞活化的关键基因

作者：陆洲成; 钟树武; 言彩红; 张群峰^*

来源：中南医学科学杂志, 2023, 51(06): 839-844.

DOI：10.15972/j.cnki.43-1509/r.2023.06.009

• 脓毒症
• 中性粒细胞
• 差异表达基因
• 蛋白互作网络
• 功能富集分析
• 关键基因

目的 基于生物信息学筛选脓毒症中性粒细胞活化的关键基因。方法 从GEO数据库中下载4个成人脓毒症芯片数据集(GSE69528、GSE28750、GSE57065、GSE95233),进行差异表达基因(DEG)筛选。基因本体论(GO)分析DEG,STRING数据库构建蛋白互作网络，Cytoscape软件提取关键基因，CIBERSORT算法估算数据集中的免疫细胞表达水平，ROC曲线评价关键基因对脓毒症患者的诊断价值。取儿童脓毒症相关芯片数据集(GSE66099)进行验证。结果 4个成人脓毒症数据集筛选出299个重叠DEG,其中112个基因上调，187个基因下调。GO主要富集于中性粒细胞活化、中性粒细胞脱颗粒、肽酶调节活性、糖胺聚糖结合、特殊颗粒、囊泡腔等。筛选出脓毒症中性粒细胞活化的关键基因10个，在脓毒症中表达水平均上调，ROC曲线下面积均大于0.7,具有较好的诊断价值。儿童脓毒症数据集验证结果与成人脓毒症数据集结果一致。结论 基于生物信息学方法筛选出脓毒症中性粒细胞活化相关的10个关键基因，为脓毒症的早期诊断、预后判断及治疗提供了潜在新靶点。

• 单位
  南华大学