肌层浸润性膀胱尿路上皮癌MDM2扩增与PD-1/PD-L1抑制剂耐药机制TCGA数据库资料分析

作者：顾阳春; 贾兆君; 张华; 徐煜; 曹宝山^*

来源：中华肿瘤防治杂志, 2020, 27(06): 451-456.

DOI：10.16073/j.cnki.cjcpt.2020.06.06

• 肌层浸润性膀胱尿路上皮癌
• MDM2扩增
• 免疫检查点抑制剂
• 超进展
• TCGA数据库

目的免疫检测点抑制剂能延长晚期膀胱尿路上皮癌患者的生存,但仍面临耐药问题,其机制是目前的研究热点。本研究通过分析癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中肌层浸润性膀胱尿路上皮癌的鼠双微基因2(murine double minute 2,MDM2)扩增情况及相关基因表达,寻找免疫检查点抑制剂耐药的潜在机制。方法于2019-04-01从TCGA数据库下载自建库至2014-11-15肌层浸润性膀胱尿路上皮癌数据包"bladder cancer(TCGA,cell2017)",含临床信息、基因拷贝数变异与核糖核酸测序数据,共412例患者,其中408例患者有基因拷贝数信息。对比MDM2扩增(36例)和未扩增(372例)的2组患者间临床特征和预后差异;利用cBioportal和DAVID6.8在线分析mRNA表达与MDM2扩增相关基因,并进行功能富集分析;进一步采用cBioportal和GeneSpringGX软件筛选出MDM2扩增和未扩增组间表达有差异的基因。结果肌层浸润性膀胱尿路上皮癌中MDM2扩增发生率为8.8%(36/408)。MDM2基因扩增组和未扩增组,总人群的中位生存期为33.1和35.0个月(χ2=0.759,P=0.384),根治术后患者的中位无疾病生存期为18.0和35.7个月(χ2=2.921,P=0.087),差异均无统计学意义。对mRNA水平与MDM2扩增相关的357个基因进行KEGG功能富集分析显示,36个基因富集于代谢通路(校正P=0.090),14个基因富集于内吞作用通路(校正P=0.280),但差异无统计学意义。MDM2扩增时自身mRNA水平增高,并与FRS2、RAB3IP、YEATS4、RAP1B和CPSF6mRNA水平中度正相关;其中FRS2、RAB3IP、RAP1B、CPSF6与MDM2常同时扩增。MDM2扩增与常见免疫抑制因子PD-1(PDCD1)、PD-L1(PDCD1LG2)、CTLA4、LAG3和IDO1的mRNA水平低度负相关。结论 MDM2扩增与非扩增肌层浸润性膀胱尿路上皮癌患者的多个基因mRNA表达水平存在差异,可能为研究免疫检测点抑制剂耐药机制提供线索。

• 单位
  北京大学第三医院