桥蛋白基因对膀胱尿路上皮癌预后评估的意义及功能研究

作者：曾梓航; 李佳丽; 刘嘉彬; 李硕; 张冉; 孟详喻; 李胜^*; 杜雪晴^*

来源：临床内科杂志, 2019, 36(01): 19-22.

DOI：10.3969/j.issn.1001-9057.2019.01.007

• 膀胱尿路上皮癌
• 生物信息学
• TCGA
• GEO
• GPHN
• 富集分析

目的通过生物信息学方法对桥蛋白基因(GPHN)进行功能探讨,分析其药物敏感性,并通过生存分析判断其在膀胱尿路上皮癌(BLCA)预后评估中的意义。方法在TCGA数据库获取BLCA的mRNA测序(mRNA-seq)及相应临床数据;利用R语言Survival程序包对GPHN表达运用Kaplan-Meier法及Cox回归进行生存分析;联合基因表达文库数据库(GEO)多数据集对不同GPHN表达的BLCA患者进行Meta分析;对GPHN差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用GSCALite工具获取基因与药物敏感的相关性信息。结果生存分析显示GPHN表达对BLCA患者生存有显著影响(Kaplan-Meier法HR=1.735,P=0.004;Cox回归HR=1.002,P=0.002);富集出有关GO的生物功能条目172个,KEGG通路1条,均与肿瘤相关;GPHN对TGX221、AZD6482、XMD8-85、Salubrinal、Cyclopamine、A-770041药物敏感。结论 GPHN与BLCA的预后显著相关,其在BLCA中具有重要功能,可能作为其预后判断的生物标记物。

• 单位
  第二临床学院; 武汉大学; 武汉大学中南医院