黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析

作者：曹广勇; 张志勇; 张志伟^*; 陈淑吟; 祝斐; 贾超峰; 陈自强; 曾海峰; 汤晓建

来源：海洋与湖沼, 2019, 50(05): 1108-1115.

DOI：10.11693/hyhz20190200038

• 黑鲷
• 真鲷
• CDS序列
• 微卫星
• 密码子偏好性

本研究采用生物信息学方法分析比较了黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区(Coding sequence.CDS)中微卫星序列(简单重复序列.SSR)的分布规律及密码子偏好性。结果表明:(1)黑鲷、真鲷及其两种杂交子代微卫星序列均以三碱基重复类型为主,其次为二碱基重复,片段长度大多数在12—20bp之间。(2)黑鲷与反交(黑鲷♀×真鲷♂)在三、五碱基中优势基元类型相同,真鲷与正交(真鲷♀×黑鲷♂)在三碱基中优势基元类型相同,而黑鲷与正交在四碱基中优势基元类型相同。(3) UUC、UAC等28个密码子为黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区的偏好性密码子,偏爱使用以C或G结尾的密码子,且第三位密码子碱基的GC含量(GC3s)均高于基因编码区平均GC含量。(4)真鲷与正交的密码子使用的偏好性相似,一定程度上说明黑鲷、真鲷杂交子代偏母系遗传。分析结果将为研究鲷科鱼类微卫星标记、研究其群体遗传多样性、构建转基因表达系统和开展分子遗传育种提供理论基础。

• 单位
  生命学院; 江苏省海洋水产研究所; 上海海洋大学