沙鞭全长转录组测序及生物信息学分析

作者：毛轩睿; 苏旭; 刘玉萍^*; 刘涛; 陈金元; 胡夏宇; 杨萍; 李小莉; 袁园

来源：草地学报, 2023, 31(06): 1673-1681.

• 禾本科
• 沙鞭
• 全长转录组
• 功能注释
• SSR

为了明晰沙鞭(Psammochloa villosa)的转录组特征，本研究利用PacBio Sequel测序平台首次对其进行全长转录组测序和数据分析，结果共获得323 309个clean reads,自我矫正产生环形一致性序列(CCS)673 540个，预测得到蛋白编码区(CDS)序列28 447个；MISA软件共搜索得到沙鞭93 563个简单重复序列(SSR),分布于56 824条unigene上；转录本基因功能注释，共有166 541条序列得到NR注释，结果显示沙鞭与二穗短柄草(Brachypodium distachyon)亲缘最近；KOG数据库比对将97 892个unigene分为25个功能类别，其中注释较多的功能为翻译后修饰、蛋白质周转和分子伴侣；GO数据库比对共注释到87 930个unigene,分为生物过程、细胞组成和分子功能3大类及62个亚类分支；KEGG结果表明碳水化合物代谢、信号转导、能量代谢通路中注释基因较多。本研究结果丰富了沙鞭的遗传信息，为今后沙鞭关键耐旱基因的挖掘提供了理论依据。

• 单位
  生命科学学院; 青海师范大学