利用选择性清除方法鉴定牛繁殖性状相关的候选基因

作者：吕世杰; 陈付英; 张子敬; 王李辉; 张松山; 王二耀; 徐照学; 施巧婷^*

来源：河南农业科学, 2020, 49(07): 133-138.

DOI：10.15933/j.cnki.1004-3268.2020.07.018

• 郏县红牛
• 中国荷斯坦奶牛
• 繁殖性状
• 选择性清除
• 遗传分化系数

为探究与牛繁殖性状相关的候选基因组区域和候选基因,采集97头郏县红牛和32头中国荷斯坦奶牛母牛血样并提取基因组DNA,利用简化基因组测序(SLAF-seq)技术获得了其全基因组SNP标记及个体基因型。通过计算各SNP位点的遗传分化系数(Fst)和核苷酸多态性(πratio),利用选择性清除方法筛选2个品种间差异的基因组区域,并与动物QTL数据库中牛繁殖性状相关QTLs进行比对,将重合区域作为候选区域。在Animal Omics Database数据库中查看候选区域内基因在母牛繁殖相关组织中的表达情况,将表达量高(FPKM>10)的基因优先作为候选基因。结果显示,根据Fst值和πratio值的99%分位数(Fst>0.390,πratio>1.49)筛选得到了42个品种间高度差异的基因组区域,其中11个基因组区域与繁殖性状QTL重合。其中,9个基因在卵巢、输卵管壶腹部或黄体中表达(FPKM>1)。CFDP1、CFDP2和FAM204A基因在各组织中均高表达(FPKM>10)。以上结果提示,CFDP1、CFDP2和FAM204A基因可优先作为牛繁殖性状相关候选基因。

• 单位
  河南省农业科学院