雷蒙德氏棉EST-SSRs分布特征及开发与利用

作者：王长彪; 郭旺珍; 蔡彩平; 张天真

来源：科学通报, 2006, (03): 316-320.

• 雷蒙德氏棉
• EST-SSRs
• 分布
• 分子标记
• 多态性

微卫星或简单重复序列(simplesequencerepeats,SSR)存在于表达序列标签(expressedsequencetags,ESTs)中.为了在棉花中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学方法对NCBI网上公开的63485条雷蒙德氏棉(GossypiumraimondiiUlbrich)ESTs序列进行EST-SSRs特征分析.剔除冗余序列,得到非冗余序列58906条.在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有2620条,共2818个EST-SSRs,EST-SSRs序列的频率是4.45%,平均相隔14.8kb出现一个SSR.在1~6bp的重复基元中,三核苷酸重...

• 单位
  作物遗传与种质创新国家重点实验室; 南京农业大学