泡桐维管形成层及木质部区的转录组分析

作者：滕云; 邱宗波^*; 王稳利; 张雪如

来源：植物研究, 2021, 41(03): 354-361.

• 泡桐
• 维管形成层
• 高通量测序
• 转录组

采用Illumina HiSeqTM2500高通量测序技术,获得泡桐维管形成层及木质部区组织转录组的109 021 918条clean reads(16.35 Gb)。将clean reads从头组装得到104 432个单基因簇(Unigene),平均长度662 nt。将组装得到的Unigenes与公共数据库进行序列比对,分别有40 789(Nr:39.05%)、31 675(NT:30.33%)、15 539(COG:14.87%)、29 168(GO:27.93%)、16 316(KEGG:15.62%)、30 499(SwissProt:29.20%)以及28 828(Pfam:27.6%)个Unigenes获得功能注释。通过与GO数据库的比对分析,注释的29 168个Unigenes归于生物过程、细胞组分及分子功能三大类的55个功能组;15 539条Unigenes注释到COG数据库,被分为25个类别中;基于KEGG数据库可将16 316个Unigenes归于130个代谢途径。此外,在泡桐的维管形成层及木质部区转录组中共检测出16 118个简单序列重复(SSR)位点。为进一步挖掘泡桐重要功能基因提供了大量数据。

• 单位
  信阳农林学院; 河南师范大学; 生命科学学院